По сути, он просто использует jQuery для присоединения обработчиков событий, а не помещает скрипт непосредственно в атрибуты html.
Например, событие готовности документа, содержащее
$("#button1").click(DoStuff);
и HTML
<button id="button1" />
эквивалентно
<button id="button1" onclick="DoStuff()" />
В этом примере это не большая разница, но для более сложных случаев это делает код намного чище, особенно если вы хотите использовать функции анонимного обратного вызова.