В libusb 1.0 с бэкэндом WinUSB (драйвер Microsoft включен в Windows) у нас нет проблем с ним общаться из приложения x86 (управляемая библиотека c ++, используемая приложениями C #).Поведение одинаково на платформах x86 и x64.
Я не знаю насчет libusb 0.1 (старой версии, которая может использовать драйвер ядра libusb-win32), но в качестве точки ссылкидо версии 1.0 вы, похоже, не используете это.
В какой-то момент libusb 1.0 будет поддерживать драйвер ядра libusb-win32, но за исключением особых случаев это не нужно (WinUSBесть некоторые ограничения, но я никогда не сталкивался с ними)