Как насчет:
cd DIRECTORY/..
find DIRECTORY -type f '(' -name '*.ext1' -or -name '*.ext2' ')' | xargs zip OUTPUT
(Сначала укажите chdir для родительского элемента нужного каталога, чтобы пути в ZIP-файле включали этот каталог, но не содержали родительских элементов в его именах путей).