Если у меня есть встроенный браузер в форме окна, возможно ли запустить метод javascript из приложения контейнера?
Вы можете использовать Document.InvokeScript, как описано в этой превосходной статье MSDN:
Как: реализовать двустороннюю связь между кодом DHTML и кодом клиентского приложения
Да, есть ..
webBrowser.Document.InvokeScript("doSomething()");