Я новичок в обоих случаях, но я предполагаю, основываясь на некоторых документах на Fluent Wiki, что вам потребуется получить исходный код для обоих продуктов или, по крайней мере, на Fluent, а затем перекомпилировать Fluent, ссылаясь наБиблиотеки NHibernate 3.0 (или проект).