Проблема заключается в том, как получить файлы, необходимые для запуска приложения, загруженного в Java WebStart, и если все, что у вас есть, - это ваш собственный протокол, то у вас нет ничего на компьютере, на котором работает Java WebStart, который мог бы использовать протокол так Вы не можете ничего скачать.
Другими словами, вам необходим веб-сервер, чтобы Java WebStart работал хорошо.
(я не считаю "заполнять кеш JWS" жизнеспособным вариантом, если нет сервера)
Однако вы можете легко создать приложение Google Application Engine, которое может предоставить файлы для вашего приложения, и , которого достаточно для Java WebStart (плюс приложить некоторую конфигурацию, позволяющую программе знать, где связаться с вашей заявкой).