configure не решает этого: make делает. Если скрипт configure старше configure.ac или любого из включенных в него файлов (начиная с aclocal.m4), то make запускает autoconf для восстановления configure.
Аналогичные правила существуют для перестройки aclocal.m4 с использованием aclocal, а различные Makefile.in с использованием automake.
Эти правила перестроения никогда не должны запускаться после распаковки тарбола на целевой машине, потому что метка времени всех этих файлов в тарболе должна быть правильной (configure новее configure.ac и т. Д.). Поэтому, если это произойдет, либо в вашем tarball что-то не так (как вы не использовали make dist или предпочтительно make distcheck для его генерации), либо пользователь, скомпилировавший исходный код, сделал что-то не так (как, например, копирование всего каталога без сохранения метки времени), или в целевой системе есть что-то фальшивое (например, make обычно не работает должным образом на смонтированном NFS-каталоге, если часы NFS-сервера не синхронизированы с часами клиента).
Еще один частый источник нежелательного восстановления наблюдается людьми, которые хранят сгенерированные файлы в системе контроля версий. См. http://sourceware.org/automake/automake.html#CVS для обсуждения этого вопроса, если это ваш случай.