В зависимости от того, что вы хотите сделать, попробуйте Any
вместо Where
:
ctx.MyObject.Where(p=>p.state==1 && prop1.Any(p2 => p2.a == 1))
Или, как вы упомянули, вы можете использовать Select
:
ctx.MyObject
.Where(p => p.state == 1)
.Select(p => new
{
state = p.state,
prop1 = p.prop1.Where(p2 => p2.a == 1),
// other fields...
}