Это проект веб-приложения или веб-сайт в Visual Studio? В первом варианте он компилируется в сборку, поэтому вы всегда можете запустить StyleCop из сценариев сборки при сборке сборки.
В качестве альтернативы вы можете запустить StyleCop как плагин из VisualStudio, но вы, вероятно, просите об автоматизации здесь. Я думаю, все зависит от вашего процесса сборки. Существуют различные конфигурации сборки, поэтому, пожалуйста, расскажите немного подробнее о том, что вы на самом деле делаете на этом сервере сборки. Непрерывная интеграция?