Ответ от @Luixv будет правильным, если в «пустых» строках нет пробелов.
Если есть пробел, используйте это вместо:
sed '/^[ \t]*$/d'
Это пробел перед \ t в скобках, т.е. [пробел \ t]
Если это не сработает, у вас могут быть проблемы с переводом строки. Сделайте:
$ file test_file
test_file: ISO-8859 text, with CRLF, LF line terminators
Если вы получили вывод выше, преобразуйте файл в unix, используя:
$ dos2unix test_file