Я использовал IBM JDK и JRE по двум причинам.Это тот, который управляет всеми продуктами IBM (Websphere, Rational и др.), И возможности подключения к мэйнфрейму намного лучше.
Кроме этого, я использовал JVM, не относящийся к Sun, под Ubuntu дома, ноЯ начал использовать Sun (или Oracle сейчас, наверное) для этого.
Лично (и это только мнение), я бы предпочел использовать Sun для автономных вещей.Для таких вещей, как Websphere, вероятно, лучше использовать тот, который поставляется как часть продукта.