Переменные среды WebSphere не могут быть доступны напрямую через log4j.xml или log4j.properties.
Стандартный прием, который делают люди, - это создание пользовательских свойств JVM, которые ссылаются на переменные среды WebSphere.
Эти пользовательские свойства JVM доступны, как и любое другое системное свойство для log4j.xml или log4j.properties.
НТН
Manglu