Ваша основная точка входа может быть index.php и направлять пользователя к правильному представлению в зависимости от того, установлена ли SESSION.
А что касается блокировки других файлов в папке:
для файлов PHP: определите константу в index.php, а в верхней части других включенных файлов PHP проверьте, «определено» ли это.
Что касается изображений и других типов файлов, вы можете хранить их выше корня и включать их через PHP.