Если вы новичок в EF и начинаете с EF4, простой ответ - игнорировать это - вы почти наверняка будете использовать ассоциации с внешними ключами, а не независимые ассоциации.
Ассоциация внешнего ключа поддерживается связью внешнего ключа в базе данных, и это отношение явно описано в концептуальной модели. Такая ассоциация является новой для EF4, и я понимаю, что это уступка после проблем, возникших у людей с независимыми ассоциациями.
Строго говоря, если вы хотите разделить схему хранения и концептуальную схему (что является точкой EF), вы бы не хотели, чтобы ваша концептуальная схема знала о таких вещах, как внешние ключи, поскольку это база данных (то есть хранилище) концепция. Более ранние версии EF следовали этому подходу, и у нас есть такая вещь, как Независимая Ассоциация.
Думайте о независимых ассоциациях как об ассоциациях, которые отслеживаются EF без знания основного внешнего ключа. EF все еще поддерживает это, но у них есть существенные недостатки.
EF4 в VS2010 будет использовать ваши внешние ключи и создавать отношения внешних ключей, если вы не укажете обратное. В целом эти работы, как и следовало ожидать. Есть еще некоторые ошибки - например, вокруг каскада удаляет.
Если вы хотите изучать EF - я могу порекомендовать эту книгу:
http://learnentityframework.com/learnentityframework/
Все, что вы хотите знать, очень четко объяснено.