У меня возникают проблемы с выяснением того, что вы спрашиваете, но при условии, что у вас возник вопрос: "Как сценарий оболочки может передавать динамические аргументы команде, которая написана на Python", а вы используете оболочку семейства Борнов (очень вероятно), самый простой правильный ответ будет
example=/home/user/example.py
./hal "--runtest=$example"
Оболочка разрешит цитирование, и сценарий будет видеть --runtest=/home/user/example.py
без прерывания, если позже вы решите передать путь, содержащий пробелы.