Единственный способ добиться этого - перенаправить его в подкаталог вместо реальных страниц с привязанным контентом. Что касается SEO и Flash, Yahoo и Bing не могут читать Flash хорошо, если вообще. Просто убедитесь, что вы НЕ сглаживаете текстовые слои в вашем Flash, и вы будете золотыми. Короче говоря, создание всего сайта во Flash, как правило, плохая идея с точки зрения SEO.
Если ваш сайт уже проиндексирован и вы перемещаете структуру сайта, обязательно войдите в Инструменты Google для веб-мастеров и загрузите новую карту сайта, когда все будет готово. Если у вас его нет, зайдите на сайт www.auditmypc.com и попросите его бесплатно создать его для вас.