Поскольку JavaScript допускает пропуски (допускает любое количество пробелов при условии правильного синтаксиса), самое простое, что нужно сделать, если вы хотите сравнить все , но , - пропустить регулярное выражение:
Regex _r = new Regex(@"\s+", RegexOptions.Compiled);
string result = _r.Replace(value, " ");
Запустите это для обоих файлов и сравните результаты;он заменяет любую последовательность стандартных пробельных символов (пробел, табуляция, возврат каретки, вертикальная табуляция и т. д.) одним пробелом.Затем вы можете сравнить с Equals (с учетом регистра или нет, как вам требуется).
Конечно, пробел имеет значение внутри строк, поэтому предполагается, что обработка строк во всех сравниваемых файлах не слишком зависит от пробелов.
Однако два совершенно разных кодовых файла могут иметь одинаковые эффекты, поэтому, если это то, что вам нужно, у вас впереди тяжелая работа.