Аргументы для двух веток
Создание новой ветки интересно, если две версии тесно связаны друг с другом (о некоторых изменениях в одной, скорее всего, сообщают в другой):
Если файлы одинаковы в обеих ветвях (даже если их имена / пути различны), ветвь является хорошим выбором.
Аргументы для двух проектов
Но если два проекта будут развиваться независимо друг от друга, имея мало общих файлов, тогда лучше использовать два отдельных проекта.
Если общий набор файлов достаточно важен, то третий проект может быть создан и импортирован в первые два в виде подмодуля.