Используйте InnoDB. Вы получаете ограничения по внешнему ключу, транзакции (так что вы можете вставить в две таблицы, и они оба будут зафиксированы, или ни того, ни другого, чтобы у вас не осталось противоречивой информации).
Однако есть еще одно большое преимущество. InnoDB поддерживает MVCC (параллельный параллелизм). Это означает, что, когда транзакция работает со строкой, другие транзакции / операторы могут видеть старое значение строки. С MyISAM эта операция будет заблокирована. Меньше блокировок означает, что вы можете иметь больше пользователей, одновременно работающих с вашим набором данных.