Нет, вы не можете этого сделать. mod_python предварительно скомпилирован с определенной версией Python. Если вы хотите изменить эту версию, вам придется пересобрать mod_python - и если вы делаете это, вы можете также установить mod_wsgi.
Это возможно возможно с mod_wsgi, так как это не встраивает интерпретатор в сам Apache, поэтому ему все равно, какую версию вы используете. Добиться того, чтобы virtualenv работал с mod_wsgi, довольно просто - вам просто нужно активировать virtualenv внутри скрипта .wsgi
:
activate_this = os.path.join(path_to_my_site, "bin/activate_this.py")
execfile(activate_this, dict(__file__=activate_this))