Нет, это не проблема.В некоторой реализации индексов, о которых я знаю, B-Tree на самом деле будут совершенно новыми деревьями в базе данных (в виде страниц), и поэтому это не повлияет на фрагментацию нового дерева.Только на то, что построение индексов может занять некоторое время, в зависимости от того, сколько данных находится в БД.