Вы можете использовать:
-XX:MaxPermSize=128m
чтобы увеличить пространство. Но это обычно только откладывает неизбежное.
Вы также можете включить сборку PermGen для сбора мусора
-XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:+CMSPermGenSweepingEnabled -XX:+CMSClassUnloadingEnabled
Обычно это происходит при большом количестве повторных развертываний. Я удивлен, что у вас есть что-то вроде индексации. Используйте virtualvm или jconsole, чтобы отслеживать пространство пермского уровня и проверять его уровни после прогрева индексации.
Может быть, вам стоит подумать о переходе на другую JVM, такую как IBM JVM. У него нет постоянного поколения, и он неуязвим для этой проблемы.