Что ты имеешь в виду?
Вы хотите сказать, что при переходе с www.mysmallwebsite.com на www.myIsv.com/myWebSite/ сеанс PHP теряется?
PHP распознает сеанс с идентификатором (буквенно-цифровой хэш, сгенерированный на сервере). Идентификатор передается от запроса к запросу с использованием файла cookie, называемого PHPSESSID, или чего-то подобного (вы можете просматривать файлы cookie, которые веб-сайты устанавливают с помощью вашего браузера ... в Firefox у вас есть Firebug + FireCookie и замечательная панель инструментов веб-разработчика .. с помощью которого вы можете просмотреть список печенья без пота).
Итак ... PHP передает идентификатор сессии через файл cookie PHPSESSID. Но вы можете передать идентификатор сеанса в виде простых параметров запроса GET.
Поэтому, когда вы помещаете ссылку html на уродливое доменное имя, предполагая, что это тот же PHP-сервер (с теми же инициализированными сеансами), вы можете поместить его следующим образом ...
www.myIsv.com/myWebSite/?PHPSESSID=<?=session_id()?>
Я некоторое время не работал с PHP, но думаю, что это сработает.