Как сказали и Том, и Эон, вы должны хранить данные в их собственном формате в MySQL, если вы хотите что-то делать с этими данными (-> обрабатывать данные с помощью SQL).
Если, с другой стороны, вы не хотите работать с этими данными, а просто сохранить / извлечь их, тогда вы используете MySQL просто как контейнер больших двоичных объектов, где каждый большой двоичный объект представляет собой беспорядок / группу многократного времени / точки данных, и это не может быть лучшим инструментом для работы: для этого предназначены файлы.
Вы можете исследовать гибридный подход, при котором вы, возможно, храните данные неструктурированными, но вы храните временные метки в виде дискретных значений. Другими словами, хранилище ключей / значений с вашими временными метками в качестве ключей. Это должно открыть возможность работать с NoSQL решениями, и, возможно, вы обнаружите, что они лучше подходят (например, подумайте о запуске map / сокращение заданий непосредственно на БД в Riak кластер)