Эти две базы данных являются полностью отдельными объектами, и у вас не должно возникнуть проблем при их запуске на одной машине.
Короткая история: я хотел протестировать Hibernate с различными диалектами баз данных, поэтому я закончил установку этих баз данных на одной машине:
- MS SQL сервер
- MySQL
- PostgreSQL
- Oracle
- DB2
и у меня не было проблем с запуском всех одновременно. Да, это был тестовый сервер, и у бедного не хватало памяти, но все работало.
Единственная проблема, с которой вы можете столкнуться: настройка одного и того же порта для нескольких баз данных. Но вы бы этого не сделали, так что это не проблема.