Самый простой способ был бы:
>>> n = []
>>> for line in open(fname):
els = line.split('\t')
n.append(els[:2])
n.append(els[2:])
>>> n
[['A', '3'], ['A', '6'], ['B', '6'], ['B', '9'], ['C', '0'], ['C', '2']]
, возможно, немного более эффективным будет:
>>> g = (line.split('\t') for line in open(fname))
>>> [els[i:i+2] for els in g for i in range(0, 4, 2)]
[['A', '3'], ['A', '6'], ['B', '6'], ['B', '9'], ['C', '0'], ['C', '2']]