Поскольку вы фактически не зафиксировали часть удаления для перемещения.
http://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-commit.html
Содержимое, которое нужно добавить, можно указать несколькими способами:
...
3) путем перечисления файлов в качестве аргументов команды фиксации, в этом случае фиксация будет игнорировать изменения, внесенные в индекс, и вместо этого записывать текущее содержимое перечисленных файлов (которое уже должно бытьgit);
Обратите внимание на важный бит: будет игнорировать изменения, поставленные в индексе .git mv выполняет этапы удаления старого файла и создания нового, но не фиксирует их.Когда вы вызываете git commit README.md, он фиксирует версию файла с новым именем, но игнорирует поэтапное удаление старого файла.
Попробуйте вместо этого следующую последовательность:
$ git mv README README.md
$ git commit -m "renamed"
$ git push origin master