Что касается первой части вашего вопроса, это скорее зависит от вашей точной реализации.Если у вас будет один искатель, ограниченный пропускной способностью сети, тогда MYiSAM может быть быстрее.Если вы используете несколько сканеров, InnoDB предоставит вам такие преимущества, как транзакции, которые могут помочь.
AFAIK MySQL не поддерживает предлагаемую вами конфигурацию оборудования.Если вам нужно большое хранилище, вы можете посмотреть MySQL Cluster.