вы можете включить свойство Class-Path в свой манифест, перечисляя файлы jar, от которых зависит ваше приложение. Пути будут считаться относительно местоположения вашего исполняемого JAR.
Например, если ваш app.jar содержит это в MANIFEST.MF:
Путь к классу: lib1.jar, lib / lib2.jar
Тогда JVM ожидает найти lib1.jar в том же каталоге, что и app.jar, и подкаталог с именем lib, содержащий lib2.jar.