Это можно сделать, да, но не с генерацией кода EF по умолчанию.
Вам нужно будет использовать POCO.
У нас также есть наши POCO в отдельной сборке, все в порядке.
Прочтите POCO с EF4. Вы можете использовать шаблон T4 для генерации классов, а затем скопировать и вставить этот код в отдельные файлы в другой сборке (я понятия не имею, почему T4 не поддерживает генерацию файлов для каждой сущности).
Добавьте ссылку на вашу сборку POCO из вашего проекта EF, и EF будет использовать основанное на соглашениях отображение для использования POCO.
Я не уверен на 100%, будет ли он работать с разделенными сборками - вы можете столкнуться с проблемами, если пространство имен для сборок отличается. (что они будут).
Стоит выстрел. Сначала используйте 1 сборку с сопоставлением POCO, убедитесь, что она работает, затем разбейте сборку и перейдите оттуда.
Godspeed. :)