Если вы хотите сравнить исходный код, то при использовании симпатичного средства форматирования (например, в VS) для нормализации форматирования вам все равно потребуется обработать порядок элементов и комментариев и т. Д.
Возможно, лучшеиспользовать Reflector на скомпилированных сборках.Выберите каждый класс, разверните его методы (если вы хотите включить реализацию метода в сравнение), скопируйте и вставьте в текстовый файл, а затем сравните текстовые файлы.
Это должно устранить все несущественные (то есть не в сборке) детали.
(Обратите внимание, может быть подключаемый модуль Reflector, чтобы сделать это напрямую.)