VTDNav.getContentFragment возвращает long, верхние 32 бита - это длина фрагмента, нижние 32 бита - это смещение, чтобы получить текст документа между тегами, см. Пример ниже
...
VTDNav vn = vg.getNav();
long l = vn.getContentFragment();
FileOutputStream fos = new FileOutputStream("out.txt");
fos.write(vn.getXML().getBytes(), (int)l, (int)(l<<32));