Нет проблем с glibc и uClibc, живущими бок о бок с некоторыми программами, связанными с одной и другими программами, связанными с другой. Однако существует проблема с дополнительными библиотеками. Каждая разделяемая библиотека в вашей системе будет построена с использованием либо glibc, либо uClibc (с использованием соответствующих заголовков, которые определяют отдельные ABI для стандартных функций библиотеки), поэтому, например, если и программе glibc, и программе uClibc нужны ncurses, вам потребуется иметь две версии ncurses и иметь способ гарантировать, что правильная версия для данной программы будет загружена во время выполнения. В качестве альтернативы, вы можете использовать только один набор общих библиотек и использовать статические библиотеки для программ, связанных с другой библиотекой libc, но вам все равно потребуется собрать 2 набора библиотек.