Не уверен, что означает 100,00,56, вы имели в виду 10.000,56?Чтобы ответить на ваш вопрос:
Для такой простой задачи, зачем использовать RegEx?Вы можете сделать это намного проще:
string oldValue = "100,00.56";
char dummyChar = '&'; //here put a char that you know won't appear in the strings
var newValue = oldValue.Replace('.', dummyChar)
.Replace(',', '.')
.Replace(dummyChar, ',');
Редактировать Я согласен с @Oded, для форматирования чисел используйте класс CultureInfo
.