У меня была такая же проблема, и я ее решил.
Вопрос был связан с тем, что IE находился в режиме Quircks, потому что у меня в начале HTML было несколько недействительных тегов (я скопировал источник со страницы .aspx и оставил там <% page ..%> директивы.
Когда IE находит какой-то странный тег, он входит в режим загипов, и некоторые вещи работают иначе.
Когда я удалил странный тег, $ (window) .width (); вещи начинают работать.
Надеюсь, что это поможет кому-то в будущем решить мою проблему. :)