Ваш вопрос не совсем конкретный.
jquery - это javascript - его реализация может быть очень плохой для SEO
asp.net на стороне сервера - может быть любым, что имеет значение, так это HTML, который вы имеете на странице.
для начала я бы порекомендовал поискать ваш сайт в Google, затем нажмите ссылку "кэшировать" под ним, затем "только текстовая версия" ... это то, что видит Google. если вы можете понять это, то Google может понять это. если там ничего нет (возможно, для очень очень сайта Ajaxy), значит, у вас проблемы. затем перейдите на сайт конкурентов и сделайте то же самое. если он делает лучшую работу, посмотрите на его исходный код HTML и подумайте, как вы можете продвинуться в этом направлении.
Вы, возможно, также хотели бы взглянуть на http://code.google.com/web/ajaxcrawling/docs/getting-started.html