Сначала зафиксируйте суб-репо и создайте там именованную ветвь.
После этого основной коммит должен продолжать фиксировать этот суб-репо в той же ветке, что и раньше.
Сначала вы должны думать о двух хранилищах как об отдельных, полностью обособленных. Другими словами, вы делаете что-то в одном хранилище и делаете это. Затем вы делаете что-то в другом хранилище и делаете это.
Взаимосвязь двух репозиториев заключается в том, что в главном репозитории хранится файл, файл .hgsubstate, в котором содержится хэш родительского элемента рабочей папки каждого суб-репозитория.
Другими словами, суб-хранилище само по себе не знает, что оно является частью более широкой картины. Однако главный репозиторий знает текущую извлеченную ревизию в этом под-репозитории. Это знание передается в хранилище как часть обычных коммитов.
Это означает, что если вы делаете что-то в под-хранилище, фиксируете это, теперь под-хранилище находится в новой ревизии. Когда вы позже фиксируете в главном репозитории, хеш этой новой ревизии в суб-репозитории обновляется в файле .hgsubstate, а затем фиксируется.
Целью этого является, конечно, то, что если вы обновите более старую ревизию в основном репозитории, старая копия файла .hgsubstate также будет перенесена в рабочую папку, а затем суб-репозиторий обновится эта ревизия, в результате которой часы возвращаются к тому, как суб-репозиторий выглядел, когда эти ревизии были в игре.
Кроме того, команды в главном репозитории иногда работают и в под-репозиториях. Если вы добавляете основной репозиторий, суб-репозитории также выдвигаются, чтобы гарантировать, что другие, кто клонирует ваш основной репозиторий, также могут безопасно полагаться на возможность клонировать соответствующий контент для суб-репозитория.
Итак, чтобы ответить на ваш вопрос в комментариях.
Если вы создадите ветку в суб-репозитории, именованную или иным образом, вы будете продолжать вносить новые изменения в эту ветку. В какой-то момент вам нужно слить, и вам нужно слить в под-хранилище, а также в основном хранилище.
Сначала вы должны объединиться в под-хранилище. Это заканчивается фиксацией, что означает, что суб-репозиторий теперь находится в наборе изменений, который совершил слияние. Затем вы объединяете основной репозиторий и делаете коммит, в котором хранятся эти знания, а также набор изменений в суб-репозитории, который используется сейчас.
Так что да, вам нужно объединить оба в более поздний момент.