Все будет хорошо.
Кажется, что Mercurial достаточно умен, чтобы игнорировать подкаталоги, в которых уже есть репозитории.Вот разговор с ним:
$ mkdir outer
$ mkdir outer/inner
$ mkdir outer/sub
$ echo red >outer/red.txt
$ echo blue >outer/inner/blue.txt
$ echo green >outer/sub/green.txt
$ cd outer/inner/
$ hg init
$ hg add
adding blue.txt
$ hg commit -m "create inner"
$ cd ..
$ hg init
$ hg add
adding red.txt
adding sub/green.txt
$ hg commit -m "create outer"
$ hg status
A red.txt
A sub/green.txt
$ hg commit -m "create outer"
Как вы видите, когда я добавляю во внешний репозиторий, он игнорирует внутренний каталог.
Если вы хотите быть более уверенным, вы могли быдобавьте внутренний каталог в ваш .hgignore.