Вам необходимо сообщить серверу FTP, что вы хотите передать в двоичном режиме;если вы этого не сделаете, окончания строк будут преобразованы в окончания исходной системы, которые вам определенно не нужны для сжатого файла.
Как вы переводите передачу в двоичном режиме, я не могу сказать,- Я не вижу, какой класс вы используете, - но если предположить, что это уже существующий класс, то, скорее всего, для этого класса есть метод, выполняющий передачу (или, альтернативно, перегрузку с параметром, определяющим этот класс).).