Я не уверен, но это может сработать, если вы создадите настраиваемое действие для выполнения cmd.exe и укажете путь и имя пакетного файла в качестве параметра.
В противном случае вы можете создать настраиваемое действие, содержащееvbscript-файл, который выполняет .bat-файл (или, возможно, вы можете использовать vbscript вместо bat-файла).
Просто учтите, что я слышал, что некоторые антивирусные программы могут немного нервничать, если вы включаете скриптыв вашем MSI и может привести к сбою установки.