Если вы хотите, чтобы все свойства источника с нулевыми значениями игнорировались, вы можете использовать:
Mapper.CreateMap<SourceType, DestinationType>()
.ForAllMembers(opt => opt.Condition(srs => !srs.IsSourceValueNull));
В противном случае вы можете сделать что-то подобное для каждого участника. Это станет утомительным, если есть большое количество свойств.