Случайная идея.Может или не может работать хорошо.Используйте один вызов отрисовки или хотя бы пакетные частицы вместе в группы (скажем, 32 на группу).Вы можете создать каждую группу на кадр в ЦП и затем отправить ее вниз.Просто создайте один большой массив с GL_TRIANGLE_FAN (IIRC, вы являетесь поклонником «завершения», добавив одну и ту же вершину дважды).
Одна из проблем, я считаю, заключается в создании этого буфера.Это Java или JNI?Вы используете буфер java.nio?Из того, что я читал на форумах, изменение этих буферов в Java может быть очень медленным.(Кстати, я не очень знаком с обработкой внутреннего буфера в Android, вам может понадобиться или не потребоваться их двойная буферизация.)