Не думаю, что вам вообще следует использовать цикл while.
Если вы хотите выполнять код периодически, используйте тайм-аут или интервал.
Кроме того, ваш jQuery оченьнеэффективно - особенно с учетом повторного запуска селектора.
var $nextPage = $('#page' + hiddenNextPage );
window.setInterval( function()
{
if ( 0 == window.orientation )
{
if ( $nextPage.hasClass( 'showUp' ) )
{
$nextPage
.removeClass( 'showUp' )
.css( 'margin-left', '5px' )
;
}
}
else if ( !$nextPage.hasClass( 'showUp' ) )
{
$nextPage
.addClass( 'showUp' )
.css( 'margin-left', '300px' )
;
}
}, 100 ); // 100 means this will execute every 100 milliseconds