Просто и легко понять, когда вы вернетесь к нему позже.
var selectedRows = (from GridViewRow row in GridView1.Rows
let cbx = (CheckBox)row.FindControl("CheckBox1")
where cbx.Checked
select row).ToList();
Имейте в виду, что для этого, я думаю, вам нужно преобразовать столбец, содержащий флажок, в столбец шаблона.