То, что вы спрашиваете, в настоящее время находится в центре дебатов по Flash / HTML5!
Несколько фактов:
1 / С предварительным выпуском Flash Builder 4.5 на прошлой неделе становится ясно, что Flash движется в сторону приложений (мобильные приложения, настольные приложения, ...).
2 / Iphone и Ipads не поддерживают Flash в этих браузерах, но есть возможность разрабатывать приложения для них во Flash!
3 / Теперь вы можете разрабатывать приложения для Android с помощью Flash!
Я уверен, что вы найдете много возможных ответов в Интернете, но вот мое мнение:
Flash не будет доступен в браузере на всех устройствах, но вы сможете создавать приложения с Flash для этих устройств!
Таким образом, для вашего проекта, единственного способа убедиться, что он будет доступен на каждом устройстве, вы должны разработать его с помощью HTML / Jasvascript.
Если вы хотите защитить свой код, вы всегда можете использовать обфускатор javascript, такой как этот: http://www.javascriptobfuscator.com