Вы пытались клонировать весь документ, в этом нет особого смысла.Вам нужен такой код:
var new_input_file = input_file.cloneNode(true);
В любом случае, value
файла типа ввода читается только по очевидным причинам безопасности, поэтому единственный способ «преодолеть» это - добавить фактический ввод к новомуФорма:
form.appendChild(input_file);
И файл должен быть сохранен.(Не проверял)