Хранение счетчиков в таблице БД звучит здесь совершенно уместно.
Другие варианты, которые приходят на ум, - это использовать файл, который не очень надежен для ACID, или память, используя что-то вроде memcache, которое не выдержит перезагрузки системы.
Не беспокойтесь об использовании таблицы БД. Это вряд ли займет какое-то место для хранения или понесет какие-либо существенные накладные расходы, если они не записываются очень часто. Если это так, пожалуйста, добавьте больше информации, и мы сможем предложить другие решения.