Обычно безопаснее использовать два макроса вместо одного.Одна для директив включения и одна для связывания директив:
AC_ARG_WITH(cflags,
[ --with-cflags=CFLAGS use CFLAGS as compile time arguments.],
[CFLAGS=$with_cflags; export CFLAGS])
AC_ARG_WITH(ldflags,
[ --with-ldflags=LDFLAGS use LDFLAGS as link time arguments to ld.],
[LDFLAGS=$with_ldflags; export LDFLAGS])
Тогда ./configure --with-cflags = "- I / path / one -I / path / two" --with-ldflags = "-L / path / other "работа.