1) Вы не должны писать шеллексию в .net
Это вызывает много проблем с тех пор, как среда выполнения .net внедряется в каждое приложение, отображающее окно оболочки (например, диалоговое окно открытия файла), и если оно уже использует другую версию среды выполнения, оно, скорее всего, сломается.
2) Я не очень понимаю, что вы пытаетесь сделать. Но я шифрую свой внешний жесткий диск с помощью TrueCrypt. Это безопасно и просто в использовании.