Большинство ответов до сих пор, кажется, обсуждают разделение EDMX на его части. Из вашего вопроса звучит, что вы хотите разбить сгенерированные классы на отдельные файлы. В настоящее время это не поддерживается, но вы можете сделать это, используя шаблоны T4 с EF в 4.0. Вы уже можете сделать это с помощью шаблонов Damien Guard L2ST4 для LINQ to SQL.
Джим Вули
www.ThinqLinq.com